Năm 1866, Victor Emmanuel liên minh cùng quân Phổ trong cuộc chiến tranh giành độc lập Ý lần thứ Ba. Mặc dù không giành được chiến thắng trên chiến trường, ông vẫn nhận được Veneto sau khi quân Áo bị đánh bại tại Đức. Bộ trưởng Ngoại giao Anh, Lord Clarendon đã ghé thăm Florence vào tháng 1 năm 1867 và báo cáo lại với Luân Đôn sau cuộc nói chuyện với nhiều chính trị gia Ý: "Tồn tại một ý kiến chung cho rằng Victor Emmanuel là một kẻ ngu ngốc; ông ta vốn không thành thật khi luôn nói dối mọi người; nếu việc này cứ tiếp diễn, ông ta sẽ nhận được kết cục cay đắng là mất đi ngai vàng và phá hủy cả Italy lẫn vương triều. Năm 1870, sau hai lần bại trận liên tiếp dưới sự chỉ huy của Garibaldi, Emmanuel đã lợi dụng chiến thắng của Phổ trước Pháp trong chiến tranh Pháp – Phổ để giành lấy Rome sau sự rút quân của Pháp. Ông đặt chân đến Rome vào ngày 20 tháng 9 năm 1870 và lập ra thủ đô mới vào mùng 2 tháng 7 năm 1871, sau đó tạm thời chuyển đến Florence năm 1864. Nơi ở mới của Hoàng gia Ý đặt tại cung điện Quirinal.

Thời gian cầm quyền còn lại của Victor Emmanuel II trải qua với ít biến động. Sau khi Vương quốc Italy được thành lập, ông quyết định vẫn giữ nguyên niên hiệu là Victor Emmanuel II thay vì Victor Emmanual I của Italy. Đây được coi là một nước đi sai lầm vì nó không chỉ rõ một khởi đầu trọn vẹn mà người dân Ý mong muốn cũng như cho thấy Sardinia-Piedmont có ý đồ chiếm lấy bán đảo Italy thay vì có mong muốn hợp nhất hóa toàn bộ đất đai. Bỏ qua sai lầm nhỏ này, thời gian tại vị còn lại của Victor Emmanuel II xoay quanh việc xử lí những sai sót và các vấn đề về kinh tế và văn hóa. Vai trò của ông trong việc cai trị ngày càng trở nên bị thu hẹp, vì rõ ràng là một vị vua không thể nào cứ tiếp tục ép những người dưới trướng mình đối đầu với một Quốc hội hùng mạnh. Vì vậy, mặc dù trong tuyên ngôn của Statuto Albertino quy định rằng các bộ trưởng chỉ nghe theo sự sắp xếp của hoàng gia, thì trên thực tế họ đã nghiêng về phía của Quốc hội.

Victor Emmanuel qua đời tại Rome vào năm 1878, sau cuộc gặp mặt với người đại diện Giáo hoàng Pius IX, người thu hồi lại vạ tuyệt thông và thực hiện nghi lễ cuối cùng cho ông. Sau khi mất, ông được mai táng tại Pantheon.  Người kế vị ông chính là con trai ông, Umberto I.